За свою историю монастырь страдал от монголов, войск Великого княжества Литовского и турок… Он крепнет при Российской империи, и погибает при Советах в 30-е годы прошлого века.
В 1938 г. по Днестру проходит граница с Румынией, строится секретная линия обороны. Монастырь решают взорвать. Сила взрыва была таковой, что купола церкви св. Иоанна Предтечи местные находят внизу в Днестре, за 200 метров от монастыря. Погибают все постройки: двухэтажная галерея-гостиница, церковь с восемью куполами, хозяйственные постройки… Ударная волна не доходит только до пещерного храма.
Местные жители рассказывают, что сапер, готовивший первый взрыв, допустил ошибку и погиб на месте. Его «работу» завершает другой…
60 лет территория находится в запустении. Возрождают монастырь почаевские монахи в 1998 г.
Сейчас обитель восстановлена. Отстроены колокольня и братские кельи, восстановлен пещерный храм прп.Антония, имеется гостиница для паломников.
Монастырь называют «Подольский Афон»! Виды, открывающиеся с высокой девяностометровой террасы на долину Днестра просто завораживают – это стоит увидеть вживую!